Весной 1918 г. Сафьянов вновь едет в Туву, где работает над организацией Советской власти. Тувинский съезд в июне высказался за образование независимой республики, дружественной Советской власти в России и в русской трудовой колонии в Танну-Туве. Сафьянов вернул тувинцам их печати и родовые списки, ранее отобранные царским комиссаром Григорьевым, и заключил с ними дружественный договор, по которому ликвидировался царский протекторат над Тувой.
После временного поражения Советской власти в Сибири Сафьянов, вместе с младшим сыном Володей, отправляется на плоту по Енисею в Минусинск, но там их хватают белые. В тюрьме также оказываются его брат Михаил и старший сын Борис. В январе 1920 г. Красноярск был взят красноармецами, Сафьянов к этому времени был тяжело болен тифом.
В 1920—1924 гг. Сафьянов снова работает в Туве, подготавливая Всетувинский Учредительный Хурал, прошедший 13—16 августа 1921 г. Иннокентий Сафьянов, таким образом, стоит у истоков тувинской государственности. При этом, однако, он вступает в конфликт с партийным руководством, склонявшимся тогда к присоединению Тувы к Монгольской Народной Республике, в частности, с Шумяцким. Это привело к исключению Сафьянова из партии «как выходца из буржуазной среды», а затем и новой высылке из Тувы.
В 1926 г. ЦКК отменила решение об исключении Сафьянова. Непродолжительное время он проработал начальником производственного отдела, а затем ещё и заместителем директора Вязниковского Промышленно-торгового треста, а затем вернулся в Сибирь, где возглавил потребительское общество в с. Верхне-Усинское. В 1930—1931 гг. был председателем коммуны, а потом работал животноводом.
В конце 1931 г. Иннокентий Сафьянов с семьёй выехал в Москву. Незадолго до войны Сафьяновы перебрались на Кавказ, в село Красная Поляна. Последние годы жизни Иннокентия Сафьянова прошли в Подмосковье, в г. Солнечногорске.